Pierwszą czynnością, którą wykonujemy dosyć często, jest deinstalacja nie używanych programów. Podstawowym, często popełnianym błędem jest „ręczne” usuwanie programów. Przeważnie każdy nowo zainstalowany program nie ogranicza się do skopiowa-nia plików w miejsce, które my wskażemy. Część plików (bibliotek, plików informacyjnych) kopiowana jest do katalogów systemowych, co zapewnia prawidłowe funkcjonowanie programu.
Innym elementem, przeważnie modyfikowanym podczas instalacji, jest rejestr, do którego wpisywane są informacje pozwalające systemowi operacyjnemu poprawnie obsługiwać dany program. Tak więc kasując fizycznie jedynie katalog programu, usuwamy faktycznie tylko jego część, reszta natomiast zostaje na dysku twardym, „zaśmiecając” jego cenną powierzchnię, co często jest przyczyną zmniejszenia wydajności systemu.
Podstawowym rozwiązaniem tego typu problemów, które mogą, a nawet powinni stosować wszyscy posiadacze Windows, jest odinstalowanie zbędnych programów. Stosuje się zazwyczaj dwie metody. Po pierwsze, wraz z programem instalowany jest często program odinstalowujący, który – uruchomiony – odszuka wszystkie elementy danego programu i raz na zawsze je usunie. Drugą metodą odinstalowywania jest wykorzystywanie elementu systemowego „Dodaj/Usuń programy”. Znajduje się on w menu Start, w ustawieniach Panelu Sterowania. Uruchomiony, pokaże nam listę wszystkich zainstalowanych do tej pory programów. Po wybraniu z listy programu, który chcemy usunąć, klikamy przycisk Dodaj/Usuń i sprawa załatwiona.
Obie te metody powinny być zakończone opróżnieniem „kosza na śmieci”, gdyż tam znajdą się wszystkie odinstalowane pliki. Sporadyczne kłopoty mogą wystąpić podczas deinstalacji aplikacji 16-bitowych oraz małych programów typu freeware pisanych często niezgodnie z wytycznymi twórców systemu. Mogą one zwyczajnie zostać nie zauważone i nie dopisane przez system do listy zainstalowanych aplikacji.