Protokół FTP pozwala również na określanie struktury pliku. Zdefiniowane są trzy struktury:
· struktura pliku — nie ma żadnej struktury wewnętrznej, a plik uważany jest za nieprzerwany ciąg bajtów danych,
· struktura rekordu — plik składa się z rekordów sekwencyjnych,
· struktura strony — plik składa się z niezależnych stron indeksowanych.
Strukturą domyślną jest struktura pliku, ale zarówno struktura pliku, jak i struktura rekordu są akceptowane dla plików tekstowych, takich jak pliki ASCII (Amerykański Standard Kodowy Wymiany Informacji), przez wszystkie implementacje protokołu FTP. Struktura pliku ma wpływ zarówno na jego tryb transmisji, jak i na jego interpretację i przechowywanie. Są trzy tryby transmisji:
· Tryb strumieniowy — plik jest transmitowany jako strumień bajtów, bez żadnych ograniczeń dotyczących wykorzystywanego typu danych. Dozwolone są struktury rekordu. W pliku o strukturze rekordu, koniec rekordu (End-of-Record, EOR) oraz koniec pliku (End-of-File, EOF) identyfikowane są po 2-bajtowym kodzie kontrolnym. W strukturze pliku, zamknięcie połączenia transmisji danych przez hosta wysyłającego wyznacza EOF. Wszystkie bajty w komunikacie o strukturze pliku są więc bajtami danych.
· Tryb blokowy — plik jest transmitowany jako szereg bloków danych poprzedzonych jednym lub większą ilością bajtów nagłówka. Bajty nagłówka zawierają pole liczby oraz kod deskryptora. Pole liczby zawiera całkowitą długość bloku danych w bajtach, oznaczając w ten sposób początek następnego bloku danych. Kod deskryptora definiuje atrybuty bloków, takie jak ostatni blok w pliku (EOF), ostatni blok w rekordzie (EOR), znacznik ponownego uruchomienia, czy dane podejrzane. W tym trybie dozwolone są struktury rekordu i może być stosowany każdy typ reprezentacji.
· Tryb zagęszczony — umożliwia kompresję danych składających się z bajtów wypełniacza lub replikacji. Nagłówek trybu zagęszczonego określa liczbę takich bajtów (do 127). Te są następnie wysyłane po upakowaniu do pojedynczego bajta.